تأسست الإدارة بموجب قرار رئيس الجامعة رقم (169/35/1/ق)وتاريخ 24/06/1435هـ الموافق 24/04/2014م تحت مسمى "إدارة المدينة الجامعية" تم تعديل مسمى الإدارة لاحقاً ليصبح "الإدارة العامة للمشاريع" بالقرار رقم (472000317) وتاريخ 16/04/1447هـ الموافق 08/10/2025م، تتولى الإدارة الإشراف العام على جميع المباني والمنشآت الدائمة للجامعة في المدن الجامعية الرئيسية في عرعر، رفحاء، وطريف. وتشمل مهامها ما يلي: المرحلة التمهيدية: 

إعداد الدراسات الفنية والتصاميم الهندسية للمشاريع الجديدة.

مرحلة الترسية: الإشراف على مراحل الطرح والترسية الخاصة بالمقاولات.

مرحلة التنفيذ: متابعة سير العمل والإشراف المباشر لضمان الالتزام الصارم بالجودة والمواصفات الفنية والجداول الزمنية المعتمدة.

إن الطفرة التعليمية التي تمر بها المملكة والحمد لله والتحديات التي تواجهها على صعيد التنمية الاقتصادية وما يتبعها من ضرورة التطوير لمسايرة المتغيرات في المجتمع ودول العالم المختلفة في التخصصات النادرة وفي المناهج التعليمة الجامعية ، ضاعفت الحاجة لبناء المدن الجامعية ذات المواصفات والجودة العالية، لتواكب الاحتياج الفعلي لعصر المعلومات والتقنيات المتطورة والمتسارعة، وبفضل الله ثم بدعم سخي من الدولة وخلال الفترة الماضية تم الإنتهاء من مشاريع وترسية مشاريع جديده حيث تجاوزت ميزانية المشاريع أكثر من 4,5 مليار ريال بمساحة تبلغ 10 مليون متر مربع في عرعر 5 ملايين في رفحاء.